Trucs pour LaTeX & R

Les logiciels accessoires mais indispensables

lundi 18 septembre 2017 par Philippe MICHEL

Un bon éditeur fait tout le travail ou presque mais pour certaines taches un programme dédié est bien pratique.
Les logiciels cités ici existent le plus souvent pour plusieurs plates-formes.

Gestionnaire de version

Même pour travailler tout seul un gestionnaire de version s’impose. Dés que le projet devient un peu complexe, concerne plusieurs documents et traine sur plusieurs mois il faut savoir où on en est et pouvoir revenir en arrière au besoin. La gymnastique est un peu difficile à comprendre au départ, ça nécessite un peu de rigueur mais devient rapidement indispensable. De plus ils permettent de gérer une copie du travail à distance ce qui est une première forme de sauvegarde.

Il en existe plusieurs, je ne les ai pas comparés. Pour ma part j’utilise Git par habitude mais Subversion a ses aficionado.

Pour vous former à Git le site openclassroom a un très bon tuto.

Sauvegarde

Un fichier non sauvegardé n’existe pas.

Je ne vais pas faire un panorama des logiciels de sauvegarde, il y en a pour tous les goûts et toutes les plates-formes. Juste rappeler que la sauvegarde régulière est INDISPENSABLE. Pour ma part j’utilise un petit script basé sur rsync. Sur MacOS, TimeMachine est une vrai réussite : simple d’emploi, quasi automatique mais il consomme du disque.

Je recommande une sauvegarde locale sur un disque dur externe par exemple doublée par un dépot à distance. La solution du pauvre : s’envoyer les fichiers en mail par un serveur comme gmail. Un des avantages des fichiers R ou LaTeX est leur faible taille.

Bibliographie

Je veux bien être un fanatique du code mais gérer sa biblio en direct avec un éditeur de texte dans son .bib ça je ne peux pas. Deux approches sont possibles :

En local avec un logiciel dédié type kbibtex (ne gère pas BibLaTeX), JabRef, pybliographer ou autre. Très simples d’emploi ils permettent de gérer sa bibliographie sans prise de tête.

Mais j’ai découvert (avec un peu de retard, tout le monde connaissait sauf moi !) Zotero. L’import direct depuis le web, la bonne liaison avec Medline (la principale base de données bibliographique en médecine), l’export direct au format bibLaTeX (même si d’après les puristes l’export n’est pas parfait) m’ont convaincu. Mais attention, il y a encore quelques bugs, des items disparaissent sans raison en particulier les dates de publication. Le plus, avoir sa biblio en ligne est bien pratique pour un nomade comme moi.

Le plus souvent je crée et gère ma biblio avec Zotéro et au final je passe par jabRef pour tout vérifier & valider.

Attention ! Tous ces logiciels gèrent votre biblio mais pas la forme de vos références. Si vous devez créer des champs spécifiques ils ne vous aideront pas et même souvent ne les reconnaîtrons pas si votre cas s’éloigne de la norme ce qui est très fréquent en particulier en littérature ancienne etc. De bons tutoriels. Si vous êtes étudiant en SHS, achetez le livre indispensable ! (publicité absolument gratuite et désintéressée). Pour les sciences dures & la médecine, les biblios demeurent basiques donc aucun soucis.

Pour mémoire de nos jours on utilise le couple Biber/BibLaTeX & non BibTeX.


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