Trucs pour LaTeX & R

Epicalc & suites

vendredi 15 juin 2018 par Philippe MICHEL

Un package quasi indispensable avait disparu...

Pour le type de statistiques que je réalise au quotidien le package epicalc créé par Virasakdi Chongsuvivatwong était une aide importante. Il permettait d’afficher simplement des résumés des variables, mieux que le vénérable summary, de calculer & de tracer des RR ou des OR, des courbes de survie ou ROC etc. Et son guide Epicalc book était un cours très pédagogique (toujours disponible).

Mais ce package a deux gros problèmes : il est instable (voir plus bas). Et il a disparu du CRAN. Mais le mainteneur a retravaillé son bébé mais n’a pu le remettre sur le CRAN. Pourquoi ? Car ce package intervient à un niveau beaucoup trop bas dans R ce qui n’est pas autorisé car potentiellement dangereux, ce qui explique peut-être l’instabilité observée. On peut donc le trouver sur le site de l’auteur avec les explication pour l’installation. epiDisplay est lui disponible sur le CRAN & contient toutes les fonctions de son grand frère sauf celles manipulant les données (recode etc...) Il faut bien dire que ces fonctions ont moins utiles maintenant que vous utilisez tidyverse !

Il reste quand même de gros problèmes : epicalc & epiDisplay ne sont pas des modèles de stabilité. J’ai toujours un problème (en plus de planatges de R beaucoup plus fréquents quand ils sont activés) :

  1. > vari <- c(NA,2,3,NA,5)
  2. > tri <- c("a","a","b","b", "a")
  3. > aggregate(vari,by=list(tri),FUN="mean",na.rm=TRUE)

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marche très bien mais :

  1. > vari <- c(NA,2,3,NA,5)
  2. > tri <- c("a","a","b","b", "a")
  3. > aggregate(vari,by=list(tri),FUN="quantile",na.rm=TRUE)

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Donne un message d’erreur et ce uniquement quand les packages epicalc & epiDisplay sont activés.


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