Trucs pour LaTeX & R

Epicalc & suites

mardi 16 août 2016 par Philippe MICHEL

Un package quasi indispensable avait disparu...

Pour le type de statistiques que je réalise au quotidien le package epicalc créé par Virasakdi Chongsuvivatwong était une aide importante. Il permettait d’afficher simplement des résumés des variables, mieux que le vénérable summary, de calculer & de tracer des RR ou des OR, des courbes de survie ou ROC etc. Et son guide Epicalc book était un cours très pédagogique (toujours disponible).

Mais ce package a deux gros problèmes : il est instable (voir plus bas). Et il n’est plus maintenu depuis des années (2012) & a disparu du CRAN.

Mais nous sommes sauvés : le même auteur, qu’il en soit remercié, a mis à jour son travail sous le nom epiDisplay disponible sur le CRAN. Il y a quelques petites différences mais le gros des commandes est identique.

Il reste quand même de gros problèmes : epicalc & epiDisplay ne sont pas des modèles de stabilité. J’ai eu deux problèmes (en plus de planatges de R beaucoup plus fréquents quand ils sont activés) :

Si j’utilise les fonctions de gestion des data.frame comme use(mon.data.frame) je perds (sur mon Emacs + ESS) toutes les auto-complétions ce qui est quand même très génant.

Un autre soucis.

  1. > vari <- c(NA,2,3,NA,5)
  2. > tri <- c("a","a","b","b", "a")
  3. > aggregate(vari,by=list(tri),FUN="mean",na.rm=TRUE)

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marche très bien mais :

  1. > vari <- c(NA,2,3,NA,5)
  2. > tri <- c("a","a","b","b", "a")
  3. > aggregate(vari,by=list(tri),FUN="quantile",na.rm=TRUE)

Télécharger

Donne un message d’erreur et ce uniquement quand les packages epicalc & epiDisplay sont activés.


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