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LaTeX & R
Encore un site sur R !

Juste quelques trucs pour vous aider à débuter en R & LaTeX centré sur la production de rapports via knitr ou RMarkdown.

En clair je me suis fait un aide mémoire que je partage avec vous.

Quel éditeur pour R ?
Article mis en ligne le 15 décembre 2021

par Philippe MICHEL

Si vous demandez autour de vous, tout le monde utilise RStudio pour travailler avec R sauf quelques barbus adeptes de Emacs.

Ce sont les seuls choix possibles ?

Le choix est plus simple que pour LaTeX. On peut bien sûr rester dans le terminal mais ce n’est pas le plus pratique dés qu’on gère plusieurs fenêtres (une principale avec les ordres en ligne par ligne, une ou deux macros, un export vers LaTeX via knitr etc.). L’interface de base de R, celle qui s’ouvre sous Windows quand on clique sur l’icône R, est à vous dégoutter du logiciel. J’ai essayé plusieurs autres éditeurs voire des IDE, rien ne m’a convaincu (Eclipse avec l’extension StatET paraît bien fait pour quelqu’un qui maîtrise déjà Eclipse). Il existe un plugin dédié pour Vim mais je ne peux pas en parler, je ne l’ai jamais essayé. Il reste deux solutions :

RStudio

RStudio. J’avais un a priori négatif sur ce qui m’apparaissait comme un cliquodrome pour handicapé (pléonasme) mais à l’usage il est très bien ficelé. On peut avoir toutes ses fenêtres ouvertes sur un bureau, l’installation et la gestion des packages, des fichiers & dossiers est évidente, l’export de graphiques vers LaTeX ou en PDF se fait sans problème, un excellent outil. Si on veut travailler "correctement", comme on me l’a appris, en écrivant ses lignes de codes dans un fichier source & en les exécutant en console, ça se fait d’un simple Ctrl-entrée. Et la gestion de version (via Git ou SNV) est gérée. L’aide interne à R est facile d’accès. De plus la gestion des fichiers rnw & l’export vers LaTeX ou autre est très pratique sans parler de Rmarkdown : l’éditeur a vraiment été prévu pour. Pour résumé tout est bien sauf l’éditeur de texte stricto sensu, vraiment basique.

Emacs + Ess

Emacs avec l’extension ess (Emacs Speaks Statistics) demeure, pour moi, le meilleur outil à ce jour (enfin presque). Probablement parce que j’ai Emacs dans les doigts ! Comme toujours il faut apprivoiser la bête ce qui demande un peu de travail au départ. Mais bénéficier de la puissance d’un éditeur de texte complet avec des raccourcis clavier configurables ça n’a pas de prix (surtout quand on commence à écrire des macros un peu complexes). Un débogueur intégré, basique certes mais qui me suffit et surtout avoir côte à côte la console R, le fichier .rnw de knitr et un fichier d’aide, quel confort ! Même le Rmarkdown peut être géré avec les deux langages (R & markdown) grâce à l’extension polymode (explications ici). Les figures sont bien affichées et pour l’export vers du PDF ou du jpeg, une ligne de code et c’est fait. Dit comme ça les fonctions ont l’air très proches de celles de RStudio mais c’est à l’usage que Emacs fait la différence sur la facilité d’édition. Si vous devez taper du code R tous les jours, essayez le. Un petit diaporama pour vous convaincre qu’Emacs n’est pas si difficile que ça à aborder.

Visual Code Studio

Avec les bonnes extensions VSC me semble être la seule alternative sérieuse à RStudio. Je suis en train de le découvrir, plus d’info rapidement.