R - Généralités

Je suis un vieux con plein de manies. j’uilise Emacs depuis des années pour LaTeX via AucTeX bien entendu mais aussi pour Org-mode mais surtout R via l’extension ESS & j’en suis très content. Mais la mode me rattrape & Rstudio me tend les bras depuis longtemps. Donc j’ai plongé il y a maintenant plus d’un an.
Première conclusion, c’est parfaitement utilisable & volontiers à conseiller aux débutants. La découpe de l’écran est bien pratique, on peut facilement gérer les packages, les (...)

Nous utiliseront ici le package gtsummary pour réaliser les tableaux.

Comment ne pas faire trop de bêtises avec un tableur

Si vous demandez autour de vous, tout le monde utilise RStudio pour travailler avec R sauf quelques barbus adeptes de Emacs.
Ce sont les seuls choix possibles ?
Le choix est plus simple que pour LaTeX. On peut bien sûr rester dans le terminal mais ce n’est pas le plus pratique dés qu’on gère plusieurs fenêtres (une principale avec les ordres en ligne par ligne, une ou deux macros, un export vers LaTeX via knitr etc.). L’interface de base de R, celle qui s’ouvre sous Windows quand on clique sur (...)

Tout ce qui m’est utile pour commencer un travail simple en recherche médicale : faire les tableaux, quelques graphiques etc.
Les fonctions de base pour un projet simple de recherche clinique en R, particulièrement adapté pour une thèse ou un mémoire de DES.
**Plusieurs tableaux :
tab1ph Descriptif simple tabcph Comparaison simple glmph Régression logistique
Pour ces tableaux, possibilité d’avoir les intitulés vrais des variables & non les codes. Il vous faut alors créer une (...)

J’ai longtemps cherché l’équivalent en R de la fonction "in" de Python.
Prenons une base de donnée (nommée [*dfx*]) concernant les cas hospitalisés pour une maladie virale à la mode (téléchargeable sur <https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/r/6fadff46-9efd-4c53-942a-54aca783c30c>).
Nous voudrions extraire les cas des départements 78, 95 & 60 de la variable [*dep*]. Deux écritures possibles : dfx <- (...)

Comment contrer une nouveauté de R version 4
R est sorti en version 4.0 au printemps 2020. Une des nouveauté se situe dans la fonction [**read.csv*]. Lors de l’importation d’un fichier csv les variables contenant du texte sont maintenant considérées comme du texte (logique non ?) & non comme des facteurs. Mais souvent ce sont des facteurs ! Une colonne de "oui" "non" c’est du facteur, pas du texte ! Heureusement il y a un moyen simple de corriger cela, la variable [**as.is*] de la commande. (...)

Une nouvelle TeXLive toute neuve a été installé sur mon système.La PATH a été adapté,tout marche bien sauf... RStudio fait son caprice & bloque les compilation vers du PDF sur un message "TeXLive non trouvée" alors que tous les appels à TeX marchent sans problème à partir du Bash etc.
Il faut savoir que RStudio utilise son propre système de PATH qu’il faut régler dans ses préférences propres. Rien de compliqué, il suffit (en mode super-utilisateur) d’ajouter au fichier :
/usr/lib/R/etc/Renviron
la (...)

Pour les débutants, une fonction bien pratique expliquée pas par pas. J’ai un data.frame nommé [*mondata*] avec les colonnes 5 à 15 contenant des "oui" ou "non". Je voudrai, pour des raisons qui me concernent, créer un nouveau data.frame [*mondata.n*] avec les mêmes colonnes codés en numérique, 0 pour "non" & 1 pour "oui" (J’ai déjà expliqué pourquoi c’était une mauvaise habitude mais ça peut quand même être parfois pratique voire indispensable). Le code est simple : mondata.n <- (...)

Il peut être utile d’utiliser la transformation angulaire avant de travailler sur une distribution binomiale en particulier quand on se rapproche de 0 ou de 1 (avec n>10). Un petit script d’exemple pour calculer un intervalle de confiance. Rappel mathématique Sur une distribution binomiale de probabilité $p$ sur $n$ observations, on peut démontrer par la méthode du Delta que $arcsin(\sqrt\hatp)$ suit une loi normale d’espérance $ \mu = arcsin\left(\sqrtp\right)$ et de variance $\sigma^2=\frac14n$. (...)