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LaTeX & R
Encore un site sur R !

Juste quelques trucs pour vous aider à débuter en R & LaTeX centré sur la production de rapports via knitr ou RMarkdown.

En clair je me suis fait un aide mémoire que je partage avec vous.

Nouveau projet, nouveau dossier
Article mis en ligne le 17 février 2022
dernière modification le 11 mars 2022

par Philippe MICHEL

Un nouveau projet, un nouveau dossier. Et dans ce dossier des sous-dossiers , toujours les mêmes. Autant automatiser la création de tout ça.

Ce sont les flemmards qui font avancer le monde & dans ce domaine j’ai des compétences !

Donc un nouveau projet (voir mes conseils), un nouveau dossier. Et dans ce dossier au minimum :
 un fichier Rmarkdown
 un fichier de biblio "stat"
 un fichier d’entête .tex pour avoir une belle sortie en pdf
 des sous dossiers :
- Graph
- Doc
- R
- Data
- etc.

Ce n’est qu’un minimum à adapter à vos habitudes. Donc nous avons dans un dossier "modeles" les maquettes pour les fichiers. Il va falloir :
 Importer les trois fichiers (juste des liens pour les fichiers .tex & .bib)
 Renommer le fichier rmarkdown
 Créer les sous-dossiers

Nous allons automatiser tout cela grâce à un script bash tout simple :

  1. #!/bin/bash
  2.  
  3. # On se place dans le dossier de travail
  4. cd /home/monespaceamoi/travail/
  5. # création du dossier pour le projet
  6. read -p "Nom du projet ? " nom_proj
  7. mkdir $nom_proj
  8. cd $nom_proj
  9. #Création des sous-dossiers
  10. mkdir doc
  11. mkdir datas
  12. mkdir R
  13. # Importation des documents en copiant des modèles
  14. ln -s /home/moi/modeles/tete.tex
  15. ln -s /home/moi/modeles/stat.bib
  16. cp /home/moi/modeles/rapport.Rmd ./
  17. # Nouveau nom pour le fichier Rmarkdown
  18. nom_rapport="${nom_proj}_rapport.Rmd"
  19. mv ./rapport.Rmd $nom_rapport

Télécharger

Ensuite, il suffit de rendre le fichier exécutable :

chmod +x ./auto_debut.sh

Si vous voulez qu’il soit utilisable de n’importe où, placez le dans le dossier /usr/bin/ Ces deux dernières opérations doivent être exécutées en tant qu’administrateur.

À adapter à votre environnement, bien sûr.

Validé sous Linux, a priori pas de problème sous MacOS. Pour Windows ? Je ne sais pas.


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