Dans un article de recherche, en particulier de recherche médicale, la section résultats comporte trois grands types de tableaux :

– le tableau 1 qui décrit la population
– un ou plusieurs tableaux comparatifs qui montre les résultats en fonction du critère étudié (traitement A vs traitement B par ex.). Ces tableaux sont, dans leur réalisation, très proches du tableau 1.
– un tableau présentant les résultats d’une analyse multivariée, souvent par régression logistique.

Le package gtsummary propose des fonctions qui permettent de créer facilement ces tableaux avec une finition claire, digne des grandes revues. Mais si les tableaux produits sont bien présentés l’esthétique est sommaire. On va fignoler en passant le résultat au package kableExtra. Les possibilités sont différentes selon le format de sortie, html ou LaTeX, voyez la doc.

Nous prendront comme exemple le data.frame trail2 fournit avec le package, données fictives d’un essai clinique.

Tableau 1 ou comparatif

Pour ces deux types de tableau nous utiliseront la fonction tbl_summary :

Le résultat est déjà très correct. Il est possible de sélectionner des variables & surtout de comparer les données selon une variable précise :

Il est possible d’affiner la présentation par exemple en mettant en gras les nomes des variables ou les p-values significatives, en ajoutant un titre etc. tout ça est très bien expliqué sur le site du package. Je voudrais juste présenter ici mon réglage personnel pour une sortie en pdf :